Η Ελένη Αρναούτη γεννήθηκε στη Θεσσαλονίκη και σπούδασε στο Τμήμα Χημείας της Σχολής Θετικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, απ' όπου αποφοίτησε το 2021. Την περίοδο 2021-2023 φοίτησε στο Δι-ιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών "Ανόργανη Βιολογική Χημεία", πραγματοποιώντας την διπλωματική της εργασία στο εργαστήριο Ανόργανης Χημείας του Τμήματος Χημείας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης. Η μεταπτυχιακή διπλωματική της εργασία με τίτλο "Δομή και βιολογική δράση συμπλόκων ενώσεων του Ερβίου(ΙΙΙ) με Κινολόνες" έχει δημοσιευτεί στο Journal of Inorganic Biochemistry (Erbium(III) complexes with fluoroquinolones: Structure and biological properties). Από το 2023 είναι Υποψήφια Διδάκτορας Ανόργανης Χημείας στο Α.Π.Θ., με θέμα διδακτορικής διατριβής "Ενώσεις συναρμογής μεταβατικών μετάλλων με νέα καρβοξυλικά παράγωγα κινολονών". Στο πλαίσιο των διδακτορικών σπουδών της έχει αναλάβει την επίβλεψη προπτυχιακών και μεταπτυχιακών φοιτητών για την εκπόνηση διπλωματικών εργασιών, ενώ παράλληλα έχει συμμετέχει σε διεθνή και πανελλήνια συνεδρία Χημείας με poster, προφορικές ανακοινώσεις και ομιλίες.